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?这个研究热点的重磅数据库!错过真要悔一生

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?这个研究热点的重磅数据库!错过真要悔一生

解螺旋 解螺旋 2020-06-05


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m6A数据库介绍


近两年的热点,m6A算得上其中的一个翘楚了,关于m6A是什么,小鹿这里就不赘述了,请看前几天的推送《CNS热点、国自然热门,m6A的前世今生》。想必不少同学看到m6A这么火的热点,也想分杯羹吧。

今天小鹿给大家介绍一个近日挖掘到的一个重磅数据库,那就是m6A修饰靶标的数据库——M6A2Target,由中山大学肿瘤防治中心的团队开发(我们还介绍过他们开发的BBCancer),相关文章前不久发表于知名期刊Briefings in Bioinformatics(影响因子= 9.101)。

数据库网址为:http://m6a2target.canceromics.org/

下面由小鹿给大家介绍下这个数据库的情况:

进入网站后,主页长这样

然后就是数据统计,包括人类的和老鼠的

实话说,数据量还挺大的,如果你正在做或者正准备开一个m6A的课题,那这个数据库就真是你的宝贝了!

Validated Targets

这部分的内容是展示那些已经被验证了靶标(Writer/Eraser/Reader的靶标,如果不懂意思,可以查看之前说的那篇介绍文章)。大家可以在Species里选择要研究的物种,在Cell line里选择大家研究的肿瘤或者细胞系,Type则让大家选择Writer/Eraser/Reader。红色方框里的基因就是大家选的,选的Type类型不同,出现的基因也会不一样。点击PMID,可以看到这个证据的来源。

点击Detail可以查看不同的信息,包括Writer/Eraser/Reader的信息

靶点的信息

还有相互作用(包括细胞系、靶向的位置等)及其效应的信息。

Potential Targets

这个模块包括Binding和Perturbation两个部分。

区别在于Binding是从CLIP-seq, RIP-seq, CHIP-seq或者质谱数据中得来的,而Perturbation则是在对Writer/Eraser/Reader进行操作扰动后(比如敲降),根据差异表达、差异甲基化或者差异翻译效率计算得到靶基因。简而言之,前者是直接证据,后者是间接证据。

Binding部分的展示和前面Validated Targets部分相比,多了Interaction、Method、Downstream Effect 3个部分,分别表示Writer/Eraser/Reader与靶基因之间互作的方式、检测的方法、以及互作的下游效应。

点击Detail,可以查看Writer/Eraser/Reader和靶基因信息,也可以查看互作的具体信息,包括细胞系、数据来源、靶向结合的位置、高通量检测方法和Interaction类型。

Perturbation部分的使用方法和Binding一样。但Perturbation展示的是基因表达水平、m6A修饰水平或者翻译效率和可变剪切水平变化的证据。

Search这一模块提供对靶基因的直接搜索,如果你在做一个基因的功能,想往上游找找找机制的话,这个功能或许能帮你,你直接输入你的基因名,就能找到有哪些Writer/Eraser/Reader影响它。工欲善其事必先利其器啊!太简单粗暴了,太喜欢了。

Genome Browser部分则提供在基因组上进行检索,直接输入基因名就可以看到结果

结果如下,因为使用IGV展示的,所以结果展示略有延迟。图的左边,会展示不同的实验,比如RIP实验结果、CLIP实验结果等等,展示的是不同实验结果下,WER与靶基因相互作用的区域。

点击那个齿轮,可以调整展示的方式。

如果你是大神呢,你还可以在Download模块下载数据,自己进行分析。
这个重磅神器的介绍就到这里了,想要做m6A的同学,可以好好学习下这个网站。

酸菜有句名言“要么筛,要么猜”,有了这么好的工具,可以大大提高你“筛”的效率啦!!祝大家都能挖到宝贝,发好文章!

END

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